Rozpoczęcie działalności Książnicy Cieszyńskiej wiązało się z koniecznością przygotowania i wdrożenia szeregu rozwiązań regulujących funkcjonowanie nowo powstałej biblioteki, w tym oczywiście również sposób opracowania zbiorów.

W skład zbiorów Książnicy Cieszyńskiej weszło kilka księgozbiorów historycznych:
– księgozbiór Leopolda J. Szersznika (1747-1814);
– księgozbiór Józefa Ignacego Kraszewskiego (1812-1887);
– księgozbiór Czytelni Ludowej w Cieszynie (1848/1861-1922);
– księgozbiór Towarzystwa Ludoznawczego w Cieszynie (1901-1939);
– archiwalia Towarzystwa Ludoznawczego;
– księgozbiór Tadeusza Regera (1872-1938);
– tzw. Teki Tadeusza Regera;
– księgozbiór „pomuzealny”;
– księgozbiór złożony z fragmentów księgozbiorów historycznych;
– księgozbiór Oddziału Zabytkowego Biblioteki Miejskiej w Cieszynie.

Książnica przejęła w spadku bogactwo, ale i balast złożonej przeszłości swych zbiorów – niejednolitość stanu i jakości opracowania poszczególnych kolekcji historycznych, wielość systemów sygnatur, niedostateczną szczegółowość ksiąg inwentarzowych, niespełniających współczesnych wymogów ewidencji materiałów bibliotecznych. Początkowy okres działalności Książnicy Cieszyńskiej zaowocował zatem powstaniem szeregu dokumentów precyzujących założenia formalnej organizacji zbiorów oraz zasady ich gromadzenia i opracowania, a przygotowanych na podstawie analizy obowiązujących przepisów prawnych, norm i rozwiązań funkcjonujących w bibliotekach naukowych, konsultacji ze specjalistami ze środowisk bibliologicznych i bibliotekarskich oraz dyskusji na forum Rady Programowej Książnicy Cieszyńskiej.

Koncepcja opracowania całości zbiorów Książnicy oparta została na założeniu, że struktura zbiorów oraz ich aparat wyszukiwawczy stwarzać powinny optymalne warunki do wykorzystywania zasobów Książnicy jako bazy do badań bibliologicznych i regionalnych, a zakres i typ informacji uwzględnianych przy opracowywaniu poszczególnych kategorii zbiorów, niezależnie od ich formy i umiejscowienia w strukturze biblioteki, powinien zostać możliwie ujednolicony.

Całość zbiorów bibliotecznych Książnicy zdecydowano się podzielić na zespoły według kryterium formalnego, rezygnując z dotychczasowego rozbicia na zespoły proweniencyjne (z zasady tej wyłączony został jedynie księgozbiór L. J. Szersznika, który ze względu na jego specyfikę postanowiono zachować jako odrębną kolekcję w niezmienionym kształcie). Zbiory Książnicy podzielone zostały na następujące zespoły: 1. książki dawne (wydane w latach 1801-1950); 2. książki nowe (wydane od 1951 r.); 3. czasopisma; 4. stare druki; 5. zbiory L. J. Szersznika; 6. rękopisy; 7. dokumenty życia społecznego; 8. ikonografia; 9. kartografia; 10. mikroformy; 11. dokumenty elektroniczne; 12. negatywy materiałów fotograficznych wykonanych w Książnicy; 13. materiały niebiblioteczne. Dla każdego z zespołów założone zostały księgi inwentarzowe. Całość zbiorów została też objęta nowym systemem sygnatur.

W wyniku prac Komisji zespół bibliotekarzy przygotował w 1998 r. pierwszą wersję wewnętrznej normy pt. „Struktura oraz zasady ewidencji i opracowania zbiorów bibliotecznych Książnicy Cieszyńskiej”. Obszerne to opracowanie zawiera szczegółowe informacje na temat struktury zbiorów bibliotecznych, zasad akcesji, ewidencji i opracowania poszczególnych rodzajów materiałów, a także wskazówki metodyczne dotyczące przyjętego sposobu rozwiązywania problemów niewyjaśnionych jednoznacznie w odpowiednich normach.

W 1994 r. został w Książnicy wdrożony biblioteczny program MAK, wówczas jeszcze wyposażony jedynie w format umożliwiający katalogowanie druków zwartych i map. Ponieważ jednak możliwe było tworzenie w nim dowolnych formatów opisu, wyjściowy format MARC BN został w Książnicy rozszerzony o pola i podpola umożliwiające zgodne z przyjętymi założeniami pełne opracowanie wszystkich występujących w zbiorach kategorii materiałów bibliotecznych. W wyniku dokonanych modyfikacji używany w Książnicy format uzupełniony został o pola i podpola niezbędne zarówno do katalogowania różnorodnych formalnie kategorii materiałów bibliotecznych, jak i umożliwiające uwzględnianie w opisach i indeksowanie dodatkowych elementów, istotnych dla badań bibliologicznych i regionalnych (np. ilustracji, drukowanych dedykacji, opisów opraw, nazw wydawców i drukarzy oraz twórców związanych z regionem, a także zapisów proweniencyjnych i poprzednich sygnatur). Przy dokonywaniu modyfikacji zachowywano zgodność z wszystkimi dostępnymi normami oraz pełną analogię opracowania wszystkich kategorii materiałów bibliotecznych. W efekcie wypracowany został jeden spójny format, zawierający pola i podpola stosowane przy opracowaniu wszystkich kategorii zbiorów Książnicy, a dzięki temu umożliwiający np. tworzenie baz kumulujących opisy różnych kategorii zbiorów, co znalazło zastosowanie przy przygotowywaniu różnego typu zestawień bibliograficznych. Dzięki przystosowaniu programu MAK do specyfiki Książnicy Cieszyńskiej możliwe stało się wdrożenie automatyzacji już od samego początku istnienia biblioteki, równocześnie z rozpoczęciem procesu opracowywania zbiorów. Automatyzacją objęty został zarówno proces katalogowania, jak i wydruku kart katalogowych oraz inwentarzy bibliotecznych. Od 1999 r. bazy katalogowe udostępniane są w internetowej witrynie Książnicy Cieszyńskiej. Tam też przeszukiwać można „wirtualne”, zeskanowane katalogi księgozbiorów historycznych, stanowiące – do czasu skatalogowania całości zbiorów Książnicy – pomocniczy instrument umożliwiający orientowanie się w zbiorach biblioteki.

Kolejny etap opracowania zbiorów nastąpił w l. 2007-2010 w związku z realizacją projektu “Ochrona i konserwacja cieszyńskiego dziedzictwa piśmienniczego”. Jednym z działań tego przedsięwzięcia było wyposażenie cieszyńskich bibliotek zabytkowych w pełną, odpowiadającą współczesnym normom, dokumentację katalogową i inwentarzową oraz systemy wyszukiwawcze, które, oprócz możliwości prowadzenia kontroli zawartości zbiorów, pozwoliłyby na ich wprowadzenie do obiegu naukowego i kulturalnego.

W przypadku Książnicy Cieszyńskiej zadanie to polegało na kontynuacji działań związanych z opracowaniem zbiorów, które biblioteka rozpoczęła już na początku swej działalności w 1994 r.  Do opracowania i inwentaryzacji przeznaczono księgozbiór Leopolda Jana Szersznika (stare i nowe druki oraz rękopisy), a także stare druki z księgozbioru Czytelni Ludowej i Biblioteki Dekanatu, znajdującej się od 2002 r. w depozycie Książnicy Cieszyńskiej. Łącznie ze zbiorów Książnicy Cieszyńskiej opracowano 19 162 jednostki, w tym 14 375 woluminów starych druków i  3 787 woluminów druków nowych oraz 1 000 jednostek rękopisów.

W styczniu 2008 r. przetarg nieograniczony na opracowanie zbiorów wygrała Fundacja „Zakłady Kórnickie”. Zgodnie z podpisaną umową oraz Specyfikacją istotnych warunków zamówienia Wykonawca zobowiązał się do opracowania starych druków, XIX i XX-wiecznych książek i czasopism oraz rękopisów w programie komputerowym MAK, zgodnie z obecnie obowiązującymi normami katalogowania oraz wewnętrznymi instrukcjami Książnicy Cieszyńskiej, zawierającymi m.in. wskazówki metodyczne dotyczące sposobu rozwiązywania problemów niewyjaśnionych w odpowiednich normach.

Prace nad katalogowaniem zbiorów Książnicy w ramach projektu trwały prawie dwa lata, od 18 lutego 2008 r. do końca stycznia 2010 r. Wszystkie opisy sporządzone przez Fundację „Zakłady Kórnickie” zostały przeznaczone do gruntownej weryfikacji. W lipcu 2010 r. zakończono proces sprawdzania opisów rękopisów. Obecnie trwa kontrola opisów bibliograficznych starych druków oraz XIX- i XX-wiecznych czasopism.

W efekcie projektu został zamknięty jeden z kluczowych etapów trwającego od 1994 r. procesu opracowania zbiorów – skatalogowanie wszystkich posiadanych przez Książnicę Cieszyńską starych druków, a także najstarszej i najcenniejszej w zbiorach Książnicy kolekcji L. J. Szersznika.

Oprócz opracowania własnych zbiorów Książnica Cieszyńska sprawowała również merytoryczną opiekę nad katalogowaniem zbiorów pozostałych cieszyńskich bibliotek zabytkowych będących beneficjentami projektu, a więc Cieszyńskiego Oddziału Archiwum Państwowego w Katowicach, Parafii Ewangelicko-Augsburskiej, Muzeum Śląska Cieszyńskiego i Konwentu Zakonu Bonifratrów. W 2007 r. w placówkach tych wdrożono program biblioteczny MAK oraz przyjęto jednolite zasady opracowania zbiorów, dzięki czemu pojawiła się nie tylko możliwość wymiany opisów pomiędzy uczestnikami projektu, ale także perspektywa zintegrowania baz danych i ich wspólnego udostępniania za pośrednictwem Internetu. Pierwsza multiwyszukiwarka cieszyńskich bibliotek zabytkowych została uruchomiona w witrynie internetowej Książnicy Cieszyńskiej w maju 2011 r.

Z dniem 1 września 2016 r. Książnica Cieszyńska przystąpiła do realizacji projektu „Udostępnienie cieszyńskiego dziedzictwa piśmienniczego on-line”. Jego zakończenie przewidziano na 31 marca 2019 r. Projekt jest współfinansowany ze środków Unii Europejskiej w ramach Regionalnego Programu Operacyjnego Województwa Śląskiego na lata 2014-2020 (Europejski Fundusz Rozwoju Regionalnego) dla osi priorytetowej: II. Cyfrowe śląskie dla działania: 2.1. Wsparcie rozwoju cyfrowych usług publicznych (numer projektu WND-RPSL.02.01.00-24-0262/15-003). Wysokość wydatków związanych z projektem wynosi 760 200 zł, w tym 646 170 zł (85%) przypada na dofinansowanie ze środków Unii Europejskiej. Zasadniczym celem projektu jest zastąpienie wykorzystywanego w Książnicy systemu bibliotecznego nowym oprogramowaniem, pozwalającym włączyć bazy danych Książnicy do centralnego katalogu zbiorów polskich bibliotek naukowych NUKAT czy choćby katalogów rozproszonych (KARO). Dla Książnicy oznacza to prawdziwą rewolucję, zmiana systemu pociąga za sobą bowiem także zmianę stosowanego dotychczas formatu opisu katalogowego (MARC 21 w miejsce MARC BN), a wraz nią – konwersję niemal 150 tys. rekordów katalogowych, bibliograficznych i faktograficznych oraz migrację całości danych do nowego systemu.