Zgodnie ze statutem, kierownictwo Książnicy sprawuje jednoosobowo dyrektor. Do jego kompetencji należy planowanie, koordynowanie i nadzorowanie całości prac Książnicy Cieszyńskiej oraz reprezentowanie jej na zewnątrz. Struktura organizacyjna placówki ustalona została na podstawie Zarządzenia nr 1/94 dyrektora Książnicy Cieszyńskiej z dnia 31 stycznia 1994 r. i składa się z pięciu komórek. Dwie z nich, a mianowicie Sekcja Księgowo-Finansowa (1 etat / 1 osoba) oraz Sekcja Administracyjno-Gospodarcza (2 etaty / 3 osoby) są odpowiedzialne za organizacyjną obsługę działań Książnicy, trzy pozostałe wykonują zadania merytoryczne. Dział Gromadzenia, Opracowania i Udostępniania Zbiorów (5 etatów / 5 osób) odpowiada za politykę gromadzenia i akcesję wszystkich kategorii zbiorów, a ponadto za inwentaryzowanie i opracowywanie druków zwartych i ciągłych z XIX-XXI w., mikrofilmów oraz dokumentów elektronicznych. Do jego zadań należy również prowadzenie czytelni ogólnej i wypożyczalni międzybibliotecznej. Z kolei na Dziale Zbiorów Specjalnych (3 etaty, 3 osoby) spoczywa odpowiedzialność za inwentaryzowanie, opracowywanie i udostępnianie starych druków, rękopisów, dokumentów życia społecznego, materiałów ikonograficznych i kartograficznych. Oba działy realizują zadania z zakresu informacji naukowej. Nad technicznym stanem zbiorów pieczę sprawuje Dział Ochrony i Konserwacji (3 etaty / 3 osoby). Działalność naukową, wydawniczą i popularyzacyjną koordynuje bezpośrednio dyrektor Biblioteki, a podejmowane w tym zakresie zadania wykonują poszczególne działy bądź wyznaczeni pracownicy, stosownie do swojego merytorycznego przygotowania. Taki podział kompetencji, jasno określający odpowiedzialność za realizację podstawowych celów Książnicy, a jednocześnie pozwalający jej w sposób elastyczny reagować na nowe wyzwania, dostosowany został do warunków, w jakich przyszło działać bibliotece w pierwszym etapie jej istnienia. Łącznie w Książnicy Cieszyńskiej zatrudnionych jest 16 osób (15 etatów), w tym 11 pracowników merytorycznych (11 etatów), 4 pracowników administracyjnych (3 etaty) oraz 1 pracownik obsługi (1 etat).