Zabytkowe kolekcje biblioteczne, wchodzące obecnie w skład Książnicy Cieszyńskiej, połączone zostały w latach trzydziestych XX w. w ramach ówczesnego Muzeum Miejskiego. W strukturze placówki muzealnej pozostały one do 1960 r., kiedy to decyzją Ministra Kultury i Sztuki zostały wyodrębnione i przekształcone w terenowy Oddział Zabytkowy Biblioteki Śląskiej w Katowicach. W 1988 r. Biblioteka Śląska zrezygnowała z dalszej opieki nad cieszyńskimi zbiorami, które przekazane zostały do dyspozycji miasta. Jeszcze w tym samym roku na mocy decyzji Naczelnika Cieszyna Oddział Zabytkowy włączony został do Miejskiej Biblioteki Publicznej w Cieszynie.
Zmian tych dokonano w dramatycznych okolicznościach. Zabytkowe księgozbiory, już od 1960 r. pozbawione własnej siedziby, po rozpoczęciu w 1985 r. remontu Muzeum zostały umieszczone w kilku lokalach zastępczych, które w większości nie stwarzały odpowiednich warunków ani do przechowywania zbiorów, ani tym bardziej do ich udostępniania. Co więcej, w trakcie jednej z przeprowadzek doszło do katastrofy, w wyniku której zalaniu uległo ok. 1000 starych druków i rękopisów. Procesowi fizycznej degradacji cieszyńskich zbiorów towarzyszyła postępująca marginalizacja ich znaczenia naukowego i kulturalnego. Pokaźna część zasobów Oddziału Zabytkowego stała się niedostępna dla czytelników. Równocześnie zablokowana została realizacja zainicjowanego w połowie lat siedemdziesiątych programu uzupełnienia i unowocześnienia ich dokumentacji inwentarzowej i katalogowej. Skontrum, do którego przystąpiono w związku ze zmianą właściciela zbiorów, rychło ujawniło zaś, iż istotna część zasobu znajduje się poza jakąkolwiek ewidencją, cała reszta zaś wyposażona jest w nieodpowiadające współczesnym normom, niekompletne i zawierające liczne nieścisłości inwentarze i katalogi. Oczywista stawała się konieczność przeprowadzenia radykalnych zmian, które pozwoliłyby uzdrowić sytuację.
Działania naprawcze wdrożone zostały na początku lat dziewięćdziesiątych przez nowe, samorządowe władze Cieszyna, którym z pomocą pośpieszyli specjaliści z czołowych polskich ośrodków bibliologicznych, zaniepokojeni losami cieszyńskich zbiorów. W 1991 r. podczas konferencji naukowej poświęconej cieszyńskim księgozbiorom historycznym, zorganizowanej w Cieszynie z inicjatywy Polskiego Towarzystwa Bibliologicznego, opracowana została „Ekspertyza ogólna dotycząca stanu i perspektyw działania Oddziału Książki Zabytkowej Miejskiej Biblioteki Publicznej”. Jej zasadniczym przesłaniem stał się postulat nadania Oddziałowi Zabytkowemu pełnej samodzielności i przekształcenia go w nowoczesną placówkę biblioteczną, będącą w stanie nie tylko zapewnić należytą ochronę posiadanym zbiorom, ale i wprowadzić je na powrót do obiegu naukowego i kulturalnego. Już wówczas zaproponowano też, by placówce tej nadać nazwę „Książnicy Cieszyńskiej”, która – jak zauważono – nawiązuje „do tradycji historycznej polskich placówek regionalnych o różnorakich funkcjach kulturotwórczych”. Projekt ów, pokrywający się z intencjami władz Cieszyna i poparty przez lokalne środowisko naukowe i kulturalne, w 1992 r. zaowocował rozpoczęciem praktycznych przygotowań do utworzenia Książnicy Cieszyńskiej. Pod kierunkiem powołanej wówczas Rady Programowej Oddziału Zabytkowego Biblioteki Miejskiej w Cieszynie opracowano perspektywiczny program działania przyszłej Książnicy Cieszyńskiej, a także projekty jej statutu i regulaminu organizacyjnego. Na podstawie owych dokumentów dnia 25 listopada 1993 r. Rada Miejska Cieszyna podjęła uchwałę o powołaniu i nadaniu statutu Książnicy Cieszyńskiej. Dnia 1 stycznia 1994 r. nowo powołana placówka rozpoczęła realizację swoich statutowych działań. 24 listopada 1998 r. Minister Kultury, działając na podstawie znowelizowanej ustawy o bibliotekach, włączył jej zbiory do Narodowego Zasobu Bibliotecznego, a 21 marca 2001 r. zaliczył Książnicę do bibliotek naukowych.